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對“未批先建”違法行為，2014年修訂的新《環境保護法》第六十一條增加了處罰條款，該條款與2002年發布實施的老《環境影響評價法》第三十一條相比，未規定“責令限期補辦手續”的內容。
2016年修正的新《環境影響評價法》第三十一條，亦刪除了原環境影響評價法“限期補辦手續”的規定，不再將“限期補辦手續”作為行政處罰的前置條件，但并未禁止建設單位主動補交環境影響報告書、報告表報送審批。
因此，環保部門應當首先對“未批先建”違法行為作出處罰，限期補辦不再是對“未批先建”行為免于處罰的條件，更不能作為借口，也不再是環保部門對“未批先建”違法行為進行處罰的前置條件，即一旦發現有“未批先建”的情形，立即做出處罰。
生態環境主管部門依法對“未批先建”違法行為進行處罰的同時，還應當依照《建設項目環境保護管理條例》第十一條的規定的五種情形，開展技術評估，甄別是否對此建設項目作出批準的決定。
這五種情形分別為：
一是建設項目類型及其選址、布局、規模等不符合環境保護法律法規和相關法定規劃；
二是所在區域環境質量未達到國家或者地方環境質量標準，且建設項目擬采取的措施不能滿足區域環境質量改善目標管理要求；
三是建設項目采取的污染防治措施無法確保污染物排放達到國家和地方排放標準，或者未采取必要措施預防和控制生態破壞；
四是改建、擴建和技術改造項目，未針對項目原有環境污染和生態破壞提出有效防治措施；
五是建設項目的環境影響報告書、環境影響報告表的基礎資料數據明顯不實，內容存在重大缺陷、遺漏，或者環境影響評價結論不明確、不合理。
只要有以上五種情形中的任何一種的，環保部門都不能做出批準該建設項目的決定，并且還可以依法責令恢復原狀。
因此，對于已經被環保部門發現是“未批先建”的建設項目，建設單位組織編制建設項目環境影響報告書或者報告表的編制方法和內容，也應當是著重證明該建設項目選址、布局、規模等是否符合環境保護法律法規和相關法定規劃。
還要看看，該建設項目所在區域環境質量是否達到國家或者地方環境質量標準，并且建設項目擬采取的措施是否滿足區域環境質量改善目標管理要求。
還要看看，建設項目采取的污染防治措施是否能夠確保污染物排放達到國家和地方排放標準，或者是否采取必要措施預防和控制生態破壞。
還要看看，建設項目的環境影響報告書、環境影響報告表的基礎資料數據是否屬實，內容是否存在重大缺陷、遺漏，或者環境影響評價結論不明確、不合理。
對于改建、擴建和技術改造項目，還要看看，是否針對項目原有環境污染和生態破壞提出了有效的污染防治措施等等。
建設單位主動報批其環境影響報告書或者環境影響報告表的，有審批權的環保部門應當受理。
依法需申請排污許可證的“未批先建”建設項目，應當依照國家有關環保法律法規和《排污許可管理條例》的規定，在規定時限內完成環評報批手續。
各級生態環境主管部門應當通過依法查處“未批先建”違法行為，依法受理和審查“未批先建”建設項目環評手續，將所有建設項目依法納入環境管理，為實現排污許可證“核發一個行業，清理一個行業，規范一個行業”提供保障。
2018年2月22日，原環境保護部發出《關于建設項目“未批先建”違法行為法律適用問題的意見》（環政法函〔2018〕31號），2月24日又發出《關于加強“未批先建”建設項目環境影響評價管理工作的通知》（環辦環評[2018]18號）。
以上兩個文件都明確指出，“未批先建”違法行為自建設行為終了之日起二年內未被發現的，依法不予行政處罰。
以上兩個文件同時也規定，環保部門受理建設單位主動補交環境影響報告書、報告表進行審查的前提，也是要求“未批先建”違法行為自建設行為終了之日起二年內，未被發現而未予行政處罰的。
并且還要求，建設單位同時存在違反“三同時”驗收制度、超過污染物排放標準排污等違法行為的，應當依法予以處罰。建設單位同時存在違反環境保護設施“三同時”和竣工環保驗收制度等違法行為的，應當依法分別予以處罰。
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